Việc làm của gia đình họ Thạch thấu đến trời, Ngọc Hoàng cho Thái tử đầu thai xuống trần làm con nhà họ Thạch. Thạch bà thụ thai ba năm, chưa sinh con ra thì Thạch ông mất. Sau đó, Thạch bà sinh một con trai khôi ngô tuấn tú và đặt tên là Thạch Sanh. Cách ít năm sau, Thạch bà cũng mất, Thạch Sanh sống côi cút một mình bên trong một túp lều tranh dưới gốc đa với một mảnh khố che thân và một cái búa đốn củi.

Năm Thạch Sanh lên mười ba tuổi, Ngọc Hoàng sai tiên ông xuống dạy cho chàng các môn võ nghệ và mọi phép thần thông.

Một hôm có anh hàng rượu tên là Lý Thông, đi bán rượu ghé vào gốc đa để nghỉ chân, thấy Thạch Sanh khỏe mạnh và lanh lợi lại ở một mình nên bèn kết làm anh em và đưa Thạch Sanh về nhà.

Bấy giờ ở trong vùng có một con Trăn Tinh thường bắt người ăn thịt, quan quân nhiều lần vây đánh nhưng không được. Vì nó có phép thần thông biến hóa, nhà vua phải cho lập miếu thờ và mỗi năm nộp mạng một người cho nó. Năm ấy đến lượt Lý Thông phải nộp mình. Mẹ con Lý Thông nghe tin vô cùng hoảng hốt, bàn mưu tính kế đưa Thạch Sanh đi thế mạng. Khi Thạch Sanh đi lấy củi về, Lý Thông đon đả mời chàng uống rượu và nói: “Ðêm nay anh phải đi canh miếu thờ trong rừng, nhưng trót cất mẻ rượu, anh đi sợ hỏng, nhờ em thay anh canh miếu một đêm”. Thạch Sanh vui vẻ nhận lời và đi ngay.

Nửa đêm Trăn Tinh hiện về, giơ vuốt, nhe răng hà hơi, nhả lửa, định xông vào miếu ăn thịt Thạch Sanh. Thạch Sanh lúc đó bình tĩnh trổ tài đánh nhau với Trăn Tinh, cuối cùng chàng chém được đầu nó, đốt xác nó thành than, và thấy hiện lên trong miếu một bộ cung tên bằng vàng ngời sáng. Thạch Sanh mừng rỡ giắt búa, đeo cung và xách đầu Trăn Tinh chạy thẳng một mạch về nhà. Nghe tiếng Thạch Sanh gọi, mẹ con Lý Thông vô cùng hoảng sợ, cho là oan hồn của Thạch Sanh sau khi bị Trăn Tinh ăn thịt, trở về nhà oán trách, bèn cất lời cầu khấn, van xin: “Sống khôn, thác thiêng em hãy tạm đi, ngày mai mẹ cùng anh sẽ mua sắm vàng hương, cơm canh, cỗ bàn cúng em chu tất!”. Lúc này Thạch Sanh mới biết rõ tâm địa và mưu kế của mẹ con Lý Thông nhưng chàng lại không giận, vẫn vui vẻ kể chuyện giết Trăn Tinh cho mẹ con họ Lý nghe. Lý Thông liền nảy ra một mưu thâm độc mới. Nó nói Trăn Tinh là báu vật nhà vua nuôi, ai giết sẽ bị tội lớn. Thạch Sanh lúc đó lo sợ, Lý Thông bảo Thạch Sanh trốn đi cho an toàn, một mình y sẽ tự lo liệu thu xếp giúp cho.

Sau khi Thạch Sanh từ giã mẹ con Lý Thông trở về gốc đa xưa, Lý Thông đi về Kinh, tâu vua là đã trừ được Trăn Tinh. Nhà vua vui mừng trọng thưởng và phong cho Lý Thông làm Ðô đốc quận công.

Tiếp đó, nhà vua mở hội kén chồng cho con gái là công chúa Quỳnh Nga. Hội kén chồng kéo dài hàng tháng nhưng công chúa không chọn được ai vừa ý đẹp lòng. Một hôm công chúa đang đi dạo chơi vườn đào thì một con chim đại bàng khổng lồ khác sà xuống cắp đi. Thấy chim cắp người bay qua, Thạch Sanh giương cung bắn, đại bàng bị trúng tên vào cánh trái, nó dùng mỏ ngậm tên rút ra rồi bay về hang ổ. Thạch Sanh lần theo những vết máu để tìm đến cửa hang của đại bàng, chàng đánh dấu cửa hang ác điểu rồi trở lại gốc đa.

Nhà vua sai Lý Thông đi tìm công chúa, nếu tìm được thì sẽ được lấy công chúa, làm phò mã, nối ngôi vua, không tìm được phải chịu tội. Lý Thông vừa mừng, vừa lo, y lập kế mở hội hát xướng mười ngày để nghe ngóng dò la tin tức. Ðến ngày thứ mười, biết tin Lý Thông mở hội, Thạch Sanh đã đến thăm và kể cho Lý Thông nghe việc mình bắn chim đại bàng, Lý Thông mừng vui khôn xiết, hậu đãi Thạch Sanh và nhờ chàng dẫn đường đến hang Ðại bàng để cứu công chúa.

Thạch Sanh dùng thang dây để xuống hang gặp công chúa và đưa thuốc mê cho đại bàng uống. Công chúa hẹn ước kết duyên cùng Thạch Sanh rồi Thạch Sanh buộc dây đưa nàng lên mặt đất. Lý Thông sai quân lính đưa công chúa lên kiệu rước về cung, còn y nói dối là ở lại đánh nhau với quái vật. Sau đó, Lý Thông dùng đá lấp kín cửa hang và trở về triều đình mạo nhận công trạng. Không thấy Thạch Sanh trở về, công chúa buồn thương rầu rĩ và bặt câm, không hé môi nói lời nào. Nhà vua buồn bã, Lý Thông cầu đảo thuốc thang khắp nơi cũng đều vô hiệu, việc tổ chức cưới xin lúc này phải đình hoãn.

Hết liều thuốc mê, đại bàng tỉnh dậy hóa phép thần thông hãm hại Thạch Sanh, chàng dũng sĩ “mặt đỏ mày xanh”, đã dám cả gan “phá nhà, cướp vợ” của nó. Thạch Sanh đã dùng tài võ nghệ và phép thần thông của mình để tiêu diệt được đại bàng. Nhìn lên cửa hang kín bưng không còn một khe hở nhỏ, Thạch Sanh đã dạo khắp hang động của đại bàng và gặp Thái tử con vua Thủy Tề đang bị yêu quái nhốt trong cũi sắt. Thạch Sanh phá tan cũi sắt giải thoát cho Thái tử. Thái tử mời Thạch Sanh về Thủy Tề để gặp vua cha.

Vua Thủy Tề cảm ơn và hậu đãi chàng. Trong thời gian lưu lại thủy cung, một hôm Thạch Sanh đang cùng Thái tử dạo chơi thì một con Hồ Tinh xuất hiện, biến thành một cô gái xinh đẹp để cám dỗ, mê hoặc hại chàng. Thạch Sanh bắt nó phải hiện nguyên hình là một con cáo chín đuôi và đã hóa phép giam nó lại. Vua Thủy Tề mời Thạch Sanh ở lại thủy cung và sẽ phong chức tước cho chàng, nhưng Thạch Sanh đã từ chối. Vua Thủy Tề tặng Thạch Sanh một cây đàn thần và sai sứ giả rẽ nước để đưa chàng trở lại trần gian. Thạch Sanh lại về với gốc đa xưa.

Vắng bóng Thạch Sanh cây đa buồn ủ ê, khi Thạch Sanh trở về cây đa lại xanh tươi như cũ. Hồn hai con quái vật bị Thạch Sanh giết (Trăn Tinh và Ðại Bàng) gặp nhau tìm cách hãm hại Thạch Sanh. Chúng vào kho châu báu của nhà vua lấy cắp vàng bạc ném vào gốc đa nơi Thạch Sanh đang ở. Quân lính nhà vua bắt Thạch Sanh tống ngục, nhà vua giao cho Lý Thông xử tội. Lý Thông khép Thạch Sanh vào tội tử hình để bịt tất cả các đầu mối. Trong lúc bị giam trong ngục, chờ hành hình, Thạch Sanh đem đàn ra gảy. Cây đàn thần vang lên tiếng tơ, tiếng trúc, cung thảm, cung sầu, cung thì kể tội Lý Thông vong ân, bạc nghĩa, cướp công Thạch Sanh, cung thì trách nàng công chúa sai lời hẹn ước dưới hang (tích tịch tình tang, ai đem công Chúa dưới hang mà về?)…

Nghe tiếng đàn, công chúa đã bừng tỉnh dậy, cười cười, nói nói. Nhà vua vui mừng nghe công chúa nói rõ lại ngọn ngành mọi sự việc. Lập tức nhà vua hạ lệnh tha cho Thạch Sanh và bắt Lý Thông tống ngục. Tiếp đó, vua làm lễ thành hôn cho Thạch Sanh cùng công chúa và truyền ngôi cho Thạch Sanh. Vua đã giao toàn quyền cho Thạch Sanh xử tội Lý Thông. Thạch Sanh tha tội cho Lý Thông, cho mẹ con họ Lý về quê quán làm ăn. Nhưng về giữa đường, trời nổi giông gió, mẹ con Lý Thông bạc ác đã bị sét đánh chết, Lý Thông hóa thành con bọ hung suốt đời chui rúc ở những nơi bẩn thỉu.

Biết tin Thạch Sanh kết duyên với công chúa Quỳnh Nga và lên ngôi trị vì thiên hạ, các hoàng tử, công hầu của mười tám nước chư hầu, những người đã từng kéo đến cầu hôn công chúa không được, vô cùng ghen tức, họ đã kéo quân đến gây sự với Thạch Sanh và công chúa. Thạch Sanh cùng công chúa ra tiếp đãi họ một cách vô cùng tử tế. Tiếng đàn thần của Thạch Sanh phân rõ lẽ thiệt hơn, phải trái, làm cho quân sĩ các nước chư hầu phải mềm lòng, nản chí. Kẻ nhớ mẹ nhớ cha, người thương con nhớ vợ, ai cũng muốn về và ngại việc binh đao, cuối cùng các nước chư hầu đều thuận mà lui binh. Thạch Sanh mời họ ăn cơm. Chàng có một niêu cơm thần nhỏ bé nhưng xới bao nhiêu bát, cơm vẫn đầy lên như cũ, khiến cho các nước chư hầu càng thêm kính phục.

Về sau Thạch Sanh và công chúa Quỳnh Nga sống bên nhau hạnh phúc.